בנוסף, לפי מחקרים אלה נמצא כי הגדרות הפליטות שאונר"א עושה בהן שימוש חורגות ושונות מאלה של סוכנויות מקבילות ברחבי העולם, וכי יש בכך כדי לעוות את הנתונים הסטטיסטיים שעליהם פעילותה מתבססת בישראל ובמקומות אחרים. מעבר לכך, בדוחות שונים שהתפרסמו לאורך השנים נמצאו גם אי-סדרים כספיים בפעילות הסוכנות, לרבות מנגנוני ניהול ופיקוח שאינם תקינים של כספי התרומות והשימוש בהם.