כמובן, כשמתגלה שעמותה הפרה את הוראות החוק והנחיות רשמת העמותות – ככלל, יש לרשמת שורה של סמכויות, ממתן אישור תקין, שלילת אישור ניהול תקין, ועד הגשת בקשה לפירוק עמותה – ברור לחלוטין שבקשה לפירוק עמותה היא כלי האכיפה הכי משמעותי, הכי חמור שעומד לרשות הרשמת, והשימוש בו נעשה כמובן כמוצא אחרון במקרים חמורים בהם ישנם ממצאים חד-משמעיים של הפיקוח לגבי הפרות משמעותיות שפוגעות באופן ישיר באינטרס הציבורי, כמו חלוקת רווחים אסורה, שימוש בכספי העמותה למטרות שאינן מטרותיה, התאחדות בלתי מותרת בשל פעילות טרור, ודברים מהסוג הזה.