סוגיות הליבה אשר נקבעו בייעוד המשרד, בהתאם להחלטת הממשלה, כוללות את האיום מאיראן, הרחבת מעגל השלום וחיזוק הברית עם אמריקה, תוך תיאום עם כלל משרדי הממשלה וגופי הביטחון הנוגעים לסוגיות אלה.