המשרד להגנת הסביבה מוטרד מאוד ממפגעי הפסולת והשריפות ביהודה ושומרון והשפעתן על הציבור באזורים אלו ובישראל. נושא זה הוצב בראש סדר העדיפויות – יהודה ושומרון לא תהיה החצר האחורית או הסביבתית של מדינת ישראל.